풍납토성에서 실시된 최초의 본격적인 발굴조사에서는 기원 전후의 소위 경질무문토기가 주로 출토되는 3중의 환호유구와 평면형태 6각형에 20평 내외의 큰 규모를 보이는 초기 백제시대 집자리 19기, 토기가마 1기, 기타 토기산포유구 4기 및 수혈유구 40여 기 등 당시의 생활상을 밝혀줄 만한 중요한 유구들과 토기, 기와, 철기 등 실로 방대한 양의 초기 백제시대 유물들이 출토되었다. 이 발굴조사를 계기로 풍납토성 내부에 대한 사전조사가 의무화되어 아파트 재건축에 따른 시굴조사 및 발굴조사가 이어졌고, 그 중에는 1999~2000년 한신대학교박물관에 의해 발굴된 초대형 ‘呂’자형 건물터 및 ‘大夫’명 토기편 등이 출토된 경당연립 재건축부지 등도 포함되어 있다.

이렇듯 풍납토성 내부에서 중요한 성과들이 잇따라 발견됨에 따라 풍납토성의 복원사업계획에 의거 학술 및 복원·정비의 기초자료를 획득, 활용을 목적으로 국립문화재연구소에서 1999년 동쪽 성벽에 대한 발굴조사를 실시하였다.

한편 A지점의 경우에는 뻘흙으로 이루어진 Ⅴ토루에 나뭇잎이나 나뭇가지 등의 식물유기체를 얇게 깐 것이 10여 겹 이상이 확인되는데, 뻘흙을 10㎝ 정도 두께로 부은 후 식물유기체를 얇게 깔고, 다시 뻘흙을 까는 과정을 10여 차례 이상 반복하여 토루를 쌓아 올린 것이다. 이러한 축조 방법은 김제 벽골제와 부여 나성 등에서도 확인된 바 있고, 일본의 水城을 비롯한 제방유적에서도 확인되어 고대 한국과 일본의 문화 전파 과정을 보여주는 중요한 자료이다. 또한 식물유기체 4~5겹에 한번씩 3단에 걸쳐 성벽의 횡방향으로 각재목을 놓고 수직목을 결구시켜 지탱한 구조물도 확인되었는데, 종간격 1.1m 정도로 8렬이 확인되었다. 이러한 목재는 후대의 판축틀과도 유사한 구조로 보이나 현 상태로서는 목심의 역할 정도로 보는 것이 타당할 것 같다. B지점에서는 Ⅴ토루 하단부 4단째의 석축이 시작되는 지점에서 성벽의 종방향을 따라 0.8m 간격의 수직목이 확인되기도 하여 구획선임을 추정할 수 있다.

중심토루 외벽으로는 경사지게 떨어지는 자연층 위에 판축법으로 토루를 쌓고, 내벽과 마찬가지로 상부에 할석 또는 강돌을 깔아 마무리하였다. 내벽과 외벽의 석렬은 중심토루로부터 거의 동일한 거리에 축조되어 있어 당시의 계획된 축성 의도를 볼 수 있다. 이상 확인된 규모만 보더라도 성벽의 폭이 약 40m, 높이가 9m가 넘는 규모이고, 조사 구간이 협소하여 내외부로 확장하여 조사하지 못한 것을 감안하면 하부로 내려가면서 그 규모가 더 커질 것으로 기대된다.

한편 출토유물은 가·나지점 성벽 하단부에서 동일하게 출토된(기원 전후에 출현하여 3세기를 전후한 시기까지 존속한 것으로 판단되는) 고식(古式)의 깊은바리모양토기(深鉢形土器)를 비롯하여 판축토 내부에서 출토된 경질무문토기, 타날문토기, 회(흑)색 무문양토기 그리고 토루 상단부와 퇴적토와의 경계에서 출토된 장란형토기, 동이편 등이 있다.

토루의 축조방식은 그 판축법에 준하는 다소 원시적인 기법으로 흙을 쌓아 올렸고, 그렇게 쌓아 올린 각 토루들이 중심 토루쪽으로 일정 경사를 유지하며 비스듬히 쌓여 있는데 이는 고식에 속하는 축성법으로 판단된다. 보통 판축법에서 확인되는 영정주나 판목, 횡장목 또는 종장목 등의 뚜렷한 증거를 발견할 수 없었고, 각 토루의 축조 자체가 판축법에 의해 수직으로 이루어진 것이 아니라 비스듬하게 이루어져 있음이 확인되었다.

특히 이러한 방식은 중국의 신석기시대이래 토루 축조방식에서 다수 관찰되기 때문에, 한국 토성 역시 초기에는 중국의 초기 토성과 같이 비스듬하게 성토한 방법이 도입되었을 것으로 추정된다. 그리고 앞서 살펴본 조사내용에서 드러난 여러 가지 사실들은 풍납토성의 축조연대가 삼국시대의 발달된 산성보다 다소 앞서는 원인으로 보아도 될 것으로 판단된다.

결론적으로 풍납토성은 그 축조시기가 한성백제시대 초기라는 점에서 비슷한 시기의 고대 도성인 낙랑토성이나 고구려 국내성 등에 비견된다. 우선 한강에 직접 연해 있는 풍납토성의 입지조건은 각기 대동강과 압록강에 연해 있는 위 도성들의 그것과 유사하다. 또한 주변에 그와 관련된 고분군과 요새로서의 산성 등이 구축되어 있다는 점등도 초기 도성의 조건에 부합됨을 알 수 있다. 아울러 당시의 인구규모나 사회조직, 권력구조 등을 종합적으로 고려해 볼 때, 3세기를 전후한 시기에 이미 이와 같은 거대한 규모의 토성이 축조 완료되었다는 사실은 풍납토성이 백제 초기 왕성일 가능성을 한층 높여 주고 있는 것이다.

덧붙여 지난 97년 1월부터 11월에 걸쳐 국립문화재연구소가 발굴조사한 토성 안쪽 풍납 현대아파트 건축 예정지에서 나온 목탄 6점을 비롯해 1999년 역시 국립문화재연구소가 발굴한 토성 성벽 출토 목탄 및 목재 3점, 1999년부터 2000년 5월까지 한신대학교에서 발굴한 토성 안쪽 경당연립아파트 재건축부지 출토 목탄 3점에 대해 방사성탄소연대를 측정한 결과 이들 12개 시료는 기원 전후를 중심으로 그 중심연대가 가장 빠른 것이 B.C. 199년으로 나왔으며 가장 늦은 것은 A.D. 231년으로 나왔다. 이는 풍납토성이 기원 전후에 축조에 들어가 늦어도 서기 200년쯤에는 축조가 끝났음을 보여주는 결정적인 증거로 평가된다.