512년에 백제 또한 기문을 뺏앗겼다고 주장했고 왜도 그러한 백제의 손을 들어주었다.
이 기문 분쟁을 통해 우리는 몇 가지 사실을 알 수 있다.
첫째, 倭는 백제를 좋아했다는 점이다.
일본서기는 가라가 백제로부터 기문을 빼앗았다고 적고 있지만 가라가 나라의 생존을 걸고 저항했던 것으로 보아 억울한 점이 분명히 있었을 것이다. 또 이후의 영토분쟁을 살펴보아도 倭는 일관되게 백제에게 유리한 결정을 내려주는 것을 보게 된다. 이렇게 倭가 백제 편을 드는 이유는 倭가 간절히 필요로 하는 대륙의 문화를 백제가 전해줄 수 있었기 때문이 아닐까 생각된다. 倭는 진기한 보물보다 오경박사를 더 원했던 건지도 모른다. 또 391년에 공동으로 출병하여 낙동강 서쪽 차령 이남을 차지하고 나눠가질 때부터 백제와 倭는 떼려야 뗄 수 없는 관계를 맺었었다. 일본서기에는 기문 분쟁이 시작되던 513년에 倭에 머물던 무령왕의 아들 순타가 죽었다는 기록이 있는데, 이 당시 백제와 倭의 관계가 얼마나 친밀했는지 단적으로 보여주는 사례다.
둘째, 임나에 대한 倭의 지배력이 약화되었다는 점이다.
이 사건 이전에는 倭에 대해 임나의 어떤 나라도 반기를 들었다는 기록이 없다. 그러나 이 사건 이후로는 倭에 대해 반발하는 나라가 하나 둘 생겨나기 시작한다. 이렇게 된 이유는 倭의 장악력이 이전에 비해 약해졌기 때문일 수도 있고 4현 분쟁에서 볼 수 있듯이 공정성을 상실하였기 때문일 수도 있다.
신라는 527년 이전 어느 때인가 임나의 남가라(南加羅)와 녹기탄(㖨己呑)을 멸망시켰다. 541년 백제의 성왕은 이 사건에 대해 이런 말을 남겼다.
‘녹기탄은 가라와 신라의 경계에 있어 해마다 공격을 받아 패배하였는데, 임나도 구원할 수가 없었고, 이로 말미암아 망하게 되었다. 남가라는 땅이 협소하여 불의의 습격에 방비할 수 없었고 의지할 바도 알지 못하여, 이로 인하여 망하였다.’
이 사건 이후 ‘임나재건’이라는 표현을 쓰는 것으로 보아 단순히 작은 나라 두 개가 없어진 것이 아니라 임나의 핵심적 구성요소가 붕괴된 것으로 보인다.
이후 倭는 임나재건을 위해 지속적인 노력을 펼친다.
